Nikžentaitis wurde 1989 am Litauischen Historischen Institut promoviert. 1992 gehörte er zu den Gründern des Forschungszentrums für die Geschichte Westlitauens und Preußens an der Universität Klaipeda (später Institut für Geschichte und Archäologie der Ostseeregion). Er war dessen erster Direktor und später Inhaber des neuen Lehrstuhls für Geschichte. 1999 habilitierte er sich über die litauische Gesellschaft der vorchristlichen Zeit. Von 2000 bis 2008 leitete er das Litauische Historische Institut und war bis 2009 Professor in Vilnius. 2009/2010 war er als Stipendiat der Alexander von Humboldt-Stiftung am Geisteswissenschaftlichen Zentrum „Geschichte und Kultur Ostmitteleuropas“ an der Universität Leipzig tätig. Seit 2009 war Nikžentaitis Projektkoordinator und wissenschaftlicher Mitarbeiter am Litauischen Historischen Institut. In den Jahren zwischen 2019 und 2024 hatte er ein drittes Mal die Leitung des Litauischen Historischen Instituts inne. Seit 2024 ist er wiederum als Projektkoordinator und wissenschaftlicher Mitarbeiter am Litauischen Historischen Institut tätig.
Nikžentaitis ist seit 2004 Vorsitzender des Litauischen Historikerverbands, seit 2005 Vorstandsmitglied des Litauisch-Deutschen Forums und seit 2006 Vorsitzender der Litauisch-Russischen Historikerkommission. Zwischen 2011 und 2024 war er Mitglied des Kuratoriums des Nordost-Instituts (IKGN e.V.) an der Universität Hamburg.
Seine Forschungsschwerpunkte sind die Geschichte Ostmitteleuropas, Feindbilder, kulturelles Gedächtnis, Erinnerungskulturen, Geschichtspolitik sowie Identitätswandel und symbolische Aneignung von Städten.
