Martina Winkler lehrt seit 2017 an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel Osteuropäische Geschichte, wobei das ständige Infragestellen dieser Fachbezeichnung zu einem wichtigen Teil ebendieser Lehre geworden ist. Der Position in Kiel gingen verschiedene Stellen in Leipzig, Berlin, Münster, Loughborough/UK, Stanford und Bremen voraus. Promoviert wurde sie in Leipzig mit einer Arbeit zum tschechischen Politiker Karel Kramář, habilitiert ebenfalls in Leipzig mit einer Studie zu Territorialisierungsprozessen im Russländischen Imperium mit Blick auf die frühneuzeitliche Expansion in den Nordpazifik. Sie wechselt zwischen diesen Schwerpunkten (Zeitgeschichte Ostmitteleuropas und Russland in der Frühen Neuzeit) gern hin und her. Herausgekommen sind dabei u.a. ein Band zur fotografischen Darstellung des Prager Frühlings, eine Biografie Peters I. und mehrere Publikation zum Lieblingsforschungsfeld Kindheitsgeschichte. Aktuell bereitet sie ein neues Projekt zur Rolle der Kindheit in Konzepten der sozialistischen Stadt vor.