Das Nordost-Institut vergibt Forschungsstipendien, die jeweils unter ein thematisches Oberthema gestellt werden.
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Das Forschungsstipendium richtet sich in erster Linie an Nachwuchswissenschaftler:innen (Doktoranden, Postdoc), kann aber auch an habilitierte Wissenschaftler:innen und Professoren:innen vergeben werden. Es wird für ein bis drei Monate gewährt. Das qualifikationsabhängige Stipendium in Höhe zwischen 1.800 und 2.500 Euro pro Monat ist für die durch den Forschungsaufenthalt in Lüneburg (Präsenzpflicht) entstehenden Mehraufwendungen der Empfängerin/des Empfängers bestimmt. 
Die Vergabe des Stipendiums erfolgt nach Exzellenzkriterien. Für eine Unterstützung kommen nur solche Forschungsvorhaben in Frage, für die bereits eine angemessene Vorarbeit geleistet wurde.
Die Einbindung der Stipendiaten in das Nordost-Institut erfolgt für die Dauer des Stipendiums auf mehreren Ebenen. Zum einen unterstützt ein:e wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in die Forschungstätigkeit des Gastes während des Aufenthalts, zudem stehen die Wissenschaftler:innen für Gespräche zur Verfügung. Zum anderen wird erwartet, dass die Stipendiaten zu den multiplikatorischen Aktivitäten des Instituts beitragen, beispielsweise durch einen Vortrag, eine Lesung oder ein Gespräch für die breitere Öffentlichkeit (Kulturvermittlung).   
Das Institut stellt für die Dauer des Stipendiums einen Arbeitsplatz im Institut zur Verfügung. Die sehr gut ausgestattete Nordost-Bibliothek kann als Fachbibliothek benutzt werden. Darüber vermittelt das Institut über die Vielfalt seiner Forschungsprojekte, Arbeitskreise, Workshops und Tagungen einen unmittelbaren Einblick in die eine regional, national und international geprägte wissenschaftliche Forschungstätigkeit und Diskurskultur.    

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